Pierre Joseph DUNOD (1646-1725) né à Saint-Lupicin le 21/10/1646, décédé le 02/01/1725 à Besançon, prêtre, a publié : Découverte de la Ville d’Antre, Paris 1697. C’est le premier texte qui présente les deux sites haut et bas de Villards d’Héria avec les bâtiments que voit Dunod à l’époque.
1958, brusquement, en pleine période des vacances, les travaux d’adduction d’eau démarrèrent sans avertissement et, contrairement aux engagements pris, avec utilisation d'engins mécaniques. En raison de L’émotion suscitée par ces actes de vandalisme, diverses interventions obtinrent que les travaux fussent menés plus lentement et avec plus de précautions. Mais le 16 septembre, le Sous-Préfet de St-Claude décida que les travaux seraient repris à leur ancien rythme.
Le 13 octobre on apprenait que la pelleteuse avait atteint le rocher naturel après avoir traversé une épaisse couche de béton romain enfermant trois petits canaux, tranchés par les engins, dont l'eau avait jailli en abondance. Le 23 octobre, un élément d'architecture en place apparaissait en haut du flanc ouest de la tranchée, mutilé par des explosifs (il devait être identifié plus tard comme appartenant à I’aile nord du podium du temple). Il n'y avait qu'à prendre acte des dégâts causés par les travaux mais aussi de leurs acquis.
C’est au final une énorme tranchée qui éventra le site.
Lucien LERAT (1909-1993) est professeur de langue et de littérature grecques jusqu’en 1955 et de 1955 à 1981 professeur d’Archéologie Artistique. De 1953 à 1960, L. Lerat a été nommé doyen de la Faculté des Lettres de Besançon. De 1942 à 1971, il fut directeur des Antiquités historiques de Franche-Comté.
Lucien LERAT interrompit les travaux d’adduction d’eau de la commune de Villards d’Héria pour permettre une intervention archéologique de sauvetage. Il organisa ensuite des fouilles continues jusqu’en 1982. Mme Hélène Walter poursuivit son œuvre avec la publication en 1998 d’un ouvrage de référence pour le site.
depuis 2019, deux Projets collectifs de recherche ont été mis en œuvre pour développer les recherches archéologiques sur la commune des Villards d’Héria, avec la coordination de Rémy Grebot. C’est un ensemble de prospections géophysiques qui sont développées (magnétisme, géoradar, Lidar, carottage sédimentaire).
Des sondages ponctuels sont faits pour valider les résultats des études géophysiques. Parallèlement c’est une étude documentaire complète qui est reprise en parallèle des études du mobilier des fouilles anciennes et plus récentes.
L’occupation du territoire sur le site bas couvre plus de 6 ha de terrain. La réflexion évolue sur les Villards d’Héria alors que précédemment le site était défini comme « isolé, associé à un phénomène naturel remarquable » (Nouvel 2011).